edu-chem-reaction

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化学反应微观演示 → 交互网页

这个技能产出什么

一个可直接用浏览器打开的单页 HTML：一侧是反应对应的 3D 分子动画（Three.js，可旋转缩放， 拖动“反应进度”滑块逐帧看 化学键断裂/生成、原子重新组合，分步高亮 + 浮动分子标签）， 另一侧是 KaTeX 反应方程 + 分步讲解 + 原子守恒计数器，并可选 能量-反应进程曲线、 火焰、催化剂质子、电子转移等叠加层。形态与 template/reaction.html 一致。

依赖（重要）

计算核心 lib/reaction_kernel.py 依赖 sympy（用于配平）。运行脚本前先确认有一个能 import sympy 的 python3：跑 python3 -c "import sympy"（本机：/opt/homebrew/bin/python3.11）。

缺库时的处理（重要）：若 import 报错（sympy 或后续用到的任何库都同理），先询问用户是否安装， 同意后再装（python3 -m pip install <库名>）或换解释器；不要未经询问直接装。 RDKit 是可选项：装了则混合几何会用它由 SMILES 生成真实构象，没装就用自建 VSEPR 库—— 两种都能跑，本技能任何时候都不会自动安装 RDKit。

工作流程

第 1 步：得到 reaction spec（三入口归一）

把反应整理成结构化 spec（格式见 references/problem-schema.md）：反应物/产物、原子映射或显式原子、 条件（点燃/通电/催化/可逆）、所属类别、分步讲解、语言。

• 文字反应/方程：直接抽取反应物与产物，调 kernel 自动配平。
• 图片：用视觉读图抽取方程，并把识别到的反应回显给用户确认（方程/条件/类别/语言）后再继续。
• 随机出题：从注册表挑一个反应，或在库内物种间组合并用 balanced_coefficients 配平、答案规整再用。

输出语言跟随提示词语言：英文提示 → 英文网页，中文 → 中文。spec 里记下 meta.language。

第 2 步：用 kernel 精确计算（不要心算）

按 references/conventions.md 的建模约定，调用 lib/reaction_kernel.py：

• balanced_coefficients(...) 用 sympy 零空间自动配平（方程系数有保证）；
• assemble_data(spec) 展开分子实例、校验原子守恒与原子映射双射、推导键的断/成（差集）、 算出每个原子在反应物态/产物态的世界坐标，产出注入模板的 data。

可先命令行自检：

python3 lib/reaction_kernel.py     # 配平 + 守恒 + 键差 自检
python3 lib/molecules.py           # 分子库自检

第 3 步：写 build_* 拼 spec 并注入模板

📍 输出位置（重要）：成品 HTML 一律写到用户当前工作目录（Path.cwd()），除非用户显式指定路径。 绝不要写进技能自身目录（skills/edu-chem-reaction/output/ 等）——那是技能内部的开发样例目录。

照着 scripts/generate.py 里的 build_* 改即可，再 render_html(K.assemble_data(spec), out)：

from pathlib import Path
out = Path.cwd() / "reaction-<反应简述>.html"   # 落在用户当前目录
render_html(K.assemble_data(spec), out)

范例（直接照抄改）：

• build_combustion_ch4（甲烷燃烧·morph·火焰·能量）——高层 species + atom_map 的范本；
• build_redox_na_cl2（钠+氯气·氧化还原·电子转移）——叠加 electrons；
• build_esterification（酯化·mechanism·催化剂·过渡态）——低层 atoms + fragments + 关键帧 的范本。

generate.py 可直接出已注册反应；不传路径默认写到 cwd：

python3 <技能目录>/scripts/generate.py combustion_ch4 ./reaction.html
python3 <技能目录>/scripts/generate.py list

第 4 步：自检（对应正确性方案）

• sympy 配平系数 == 方程展示系数 == 各分子实例个数（assemble_data 内已断言）。
• 原子映射是反应物↔产物原子的双射、元素一致；键端点都存在（kernel 已校验）。
• 原子守恒计数器在反应前后不变（催化剂不计入）。
• 起本地静态服务（服务输出文件所在目录）用预览检查：无控制台报错、KaTeX 方程渲染正常、 拖滑块时断键/成键高亮与分步讲解一致。

⚠️ 必须关闭你开过的端口/服务：预览检查一结束就立即停掉本地服务，绝不留下占用端口的进程。 用 preview 工具开的：检查完马上 preview_stop。交付前确认端口已释放，再告诉用户结果。

第 5 步：交付

成品写在用户当前工作目录（cwd），命名形如 reaction-<反应简述>.html，把路径告诉用户，可直接浏览器打开。 交付前确认：(1) 成品在 cwd、不在技能目录；(2) 没有遗留任何由本次预览开启的本地服务/端口。

两套引擎与自动选择

模板内置一套统一渲染器、两种逐帧定位（共用键差绘制/标签/叠加层/UI）：

• morph（原子变形）：原子各自从反应物态插值到产物态，天然展示原子守恒/重组，适配任意反应。
• mechanism（机理关键帧）：原子归属刚体片段（fragment），按 K0/K1/K2 关键帧整体位移， 基团不变形，适配催化剂/过渡态/离去基团类有机机理。

assemble_data 据 meta.engine（auto/morph/mechanism）选择：auto 时，类别为 organic 或带 fragments 走 mechanism，否则走 morph。叠加层均为数据开关（见 schema）： flame（燃烧/强放热）、catalyst（催化剂质子+开关）、transitionGlow（过渡态能量光）、 electrons（氧化还原电子转移）、energy（能量-反应进程曲线）、原子守恒计数器（默认开）。

配色：整体为亮色（教科书球棍图风：原子带深色描边 + 柔和投影 + 白底面板），各反应用 meta.accent 区分强调色（燃烧 amber、酯化 indigo、钠氯 violet…）。

扩展

• 加反应：在 generate.py 加一个 build_*（高层 species+atom_map，或低层 atoms+fragments）， 注册进 REGISTRY。
• 加分子/离子：在 lib/molecules.py 的 _LIBRARY_BUILDERS 加一项（VSEPR 几何 + 显示元数据 + 内部键）。
• 加叠加层：在 template/reaction.html 增一个由 data 字段驱动的可选模块。

目录

• template/reaction.html — 数据驱动模板（统一渲染器 + 双引擎 + 数据岛 __REACTION_DATA__）
• lib/molecules.py — VSEPR 理想分子几何库（含元素表/配色/半径）
• lib/reaction_kernel.py — sympy 配平 + 守恒/映射校验 + 键差 + 场景装配 + 可选 RDKit 探测
• scripts/generate.py — 注入模板 + 范例 build_*（含 REGISTRY 与 CLI）
• references/problem-schema.md — reaction spec 与 data 的数据格式
• references/conventions.md — 建模约定、引擎选择、叠加层、配平与自检