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/root/mtc · 一体化科研工作台约定
本目录是科研工作台（多课题工作区）。所有科研技能共享装在 .codex/skills/；课题记忆在 projects/<id>/.research/，跨课题共享元记忆在 .research/meta/。
13 阶段路由（任务 → 主用技能 → 备用）
| 阶段 | 主用 | 备用 |
|---|---|---|
| S1 想法/文献/找 Gap | nature-literature-pipeline、paper-lookup、academic-research-suite(deep-research) | nature-academic-search、nature-downloader |
| S2 审查 idea/方案 | academic-research-suite(deep-research)、scientific-brainstorming | hypothesis-generation、nature-proposal-writer |
| S3 新颖性 | novelty-sweep | academic-research-suite(academic-paper-reviewer)、nature-literature-pipeline(gap-analysis) |
| S4 理论/数学 | math-verification | sympy |
| S5 故事/动机 | narrative-engine | researchwrite（论证重建）、academic-research-suite(socratic mentor) |
| S6 实验矩阵冻结/工程实现/自检验收 | research-ledger、academic-research-suite(experiment-agent)、experimental-design | pytorch-lightning、transformers、scikit-learn |
| S7 实验运行/参数优化闭环 | arbor、research-ledger | research-tree-search、scikit-learn |
| S8 数据图 | nature-figure | engineering-figure-agent(plot) |
| S9 论文写作 | academic-research-suite(academic-paper) | researchwrite |
| S10 架构/算法/机制图 | engineering-figure-agent | nature-figure(GPT Image 2)、markdown-mermaid-writing |
| S11 排版/模板/参考文献 | venue-templates、nature-ref-verifier、academic-research-suite(citation-format-switcher)、visual-pdf-review（编译后视觉验收） | academic-research-suite(academic-paper format-convert) |
| S12 三轮审查 | research-tree-search(编排)、academic-research-suite(academic-paper-reviewer)、visual-pdf-review（视觉排版维度） | — |
| S13 去 AI 味 | academic-research-suite(Writing Quality Check) | researchwrite（anti-slop） |
约定
- 科研任务优先从
$academic-workbench入口进入；显式技能调用用$技能名。 - 所有实验、假设、结论写入当前项目
projects/<id>/.research/（schema 见 research-ledger）；跨会话先确认当前项目再读台账。 - S6/S7 门禁：S6 完成冒烟验收与三轮自检、验收报告全 PASS 后才进入 S7；S7 调参只在 pilot 数据上做，配置锁定后跑 canonical 正式评估，正式结果只认锁定配置。实现红线：禁止降级简化、虚假实现、不可复现。
- 基线策略：S6 冻结矩阵时逐条标注
reproduce/cite_published/excluded；任何已有已发表数字的基线默认cite_published，直接采用原文报告的数字（只核对引用存在、数字与原文一致，不要求同协议、不复现）；只有无已发表数字或必须本地跑的方法才reproduce；与对比叙事无关的标excluded并记录原因。 - 上下文预算：若技能描述被截断/告警，按顺序裁减
scientific-slides→markdown-mermaid-writing→transformers，并在本文件标注替代。 - 技能本地化：所有技能直接维护在
.codex/skills/（自研技能另有镜像在.codex/custom-src/），没有安装/校验脚本，改文件即生效。 - 不修改
~/.codex/config.toml；不向~/.codex/skills、~/.agents/skills安装第三方技能（避免双份同名）。
多项目隔离（强制）
- 目录结构：每个课题 =
/root/mtc/projects/<id>/；课题记忆只写projects/<id>/.research/；共享元记忆只写/root/mtc/.research/meta/。 - 用户始终可以在工作区根目录操作，不需要切换目录。用户点名课题后（如“看 ser”“去 ser 项目”），用 research-ledger 的
scripts/project_context.py --project <id>锁定该课题；未点名时只读写共享层。 - 禁止读写其他项目的
.research/，除非用户显式点名某个项目；跨项目内容只读并标注来源，不并入当前项目记忆。 - 共享元记忆禁止写入课题私有数据（实验数字、论文内容、结论细节）；可复用经验先写
meta/inbox/候选，经用户确认后转meta/lessons/<domain>/。 - 旧路径
/root/mtc/ser是兼容别名；新代码一律使用/root/mtc/projects/ser。 - 新建课题由 agent 执行
project_context.py --create <id> --title <描述>完成脚手架与注册，用户只需在根目录说“新建课题 xxx”。
阶段门禁（hooks，强制流程）
- 完成 S2/S3/S4/S5/S5S6/S6/S7/S9/S11/S12/S13 时，先运行
python3 .codex/hooks/gate_check.py --pending --stage <Sx> --project <id>布防门禁； Stop 钩子自动复检，不合格自动返工（默认最多 3 轮），全部 PASS 才进入下一阶段。 - 钩子未启用/桌面端异常时门禁降级为强流程：进入下一阶段前必须手动
gate_check.py --check拿到 PASS，禁止跳过。 - 超限后停止自动返工并请用户决策；用户可
--reset取消门禁或修复后--pending重新布防。 - 门禁清单见
.codex/hooks/gates.json；门禁只检查流程产物与一致性，科学判断由用户决定。
记忆图谱与自进化（graph，强制）
- 图谱是台账之上的派生索引（
.research/graph/：nodes/edges/candidates/events + 自动生成的 kg.md）； 台账仍存全文与事实，图谱只存关系与来源指针，禁止把大段内容复制进图谱节点。 - 机械边（
evidence_for/derived_from/generated_by/decided_in/relates_to） 由graph_evolve.py scan自动入图；判断边（contradicts/supersedes/complements/applies_to/informs/conflicts_with/refuted_by） 只生成候选，必须用户确认（review）后才入图。LLM 不得直接写判断边。 - 台账被修改、阶段收尾、结论变更后：运行
scan；有新冲突/取代关系时提醒用户review。 - 共享经验与个性化：
promote（项目→共享，禁止课题私有数据）、feedback add（同一纠正 累计 3 次自动生成画像候选）、profile add（用户规则）、venue add（期刊画像）、review --shared（确认）。画像/经验确认后经记忆摘要注入后续会话。 - 会话记忆摘要由 UserPromptSubmit 钩子自动注入（
memory_inject.py，fail-open）； 需要细节时按 source 指针回读台账，不要凭记忆。 - 完整规范见 docs/memory-graph.md。
学术诚信红线（强制）
- 引用真实可核验；禁止编造 DOI/页码/参考文献（投稿前跑 nature-ref-verifier）。
- 实验结果必须真实运行并留复现记录；禁止虚构/美化数据。
- "有界检索无结果 ≠ 新颖"；新颖性声明须附检索审计。
- 每篇论文关键实验由作者人工抽查复现后再投稿。
- 去 AI 味目标是写出清晰专业的学术英语，不是欺骗检测器。
- 写作/润色保真：数字、统计、引用、术语、限定词与 claim 强度在起草/润色/去 AI 味后必须逐项核验（researchwrite 的 preservation ledger +
scripts/check_preservation.py）；润色不得悄悄改变科学内容。
API 配置（xindu.xyz，唯一网关）
- 所有图像生成与模型调用统一走
https://xindu.xyz/v1，配置在.env（权限 600，脚本 install/update/check 自动加载）。 - 图像模型统一
gpt-image-2：EFA 图像模式（ENGINEERING_FIGURE_IMAGE_PROVIDER=openai+OPENAI_BASE_URL）、nature-figure 示意图路由（SCHEMATIC_IMAGE_API_URL=https://xindu.xyz/v1/images/generations，脚本内部读OPENROUTER_API_KEY/OPENROUTER_IMAGE_MODEL，端点已指向 xindu，无需 OpenRouter 账号）。 - 更换 key：只改
.env中OPENAI_API_KEY与OPENROUTER_API_KEY两处。 - 技能全部本地化：
.codex/skills/即最终生效目录，可直接修改；端点覆盖一律走环境变量。
图表标题约定（强制）
- 图（Figure）的标题/图注在正文中、图的下方；表（Table）的标题在正文中、表的上方。这是排版（S11）的职责：在 LaTeX/Word 里写
\caption/表头，而不是让 AI 绘图时把文字烧进图片像素。 - S8/S10 绘图时：AI 生成图内只放坐标轴标签、刻度、必要图例；禁止把 "Figure 1"、"标题"、大段图注画进图里。若模型生成了带标题文字的示意图，视为草稿缺陷，排版前须重画或裁掉文字。
- 图注内容（Figure 1. …）由 S9/S11 依据正文写作产出，与图内内容保持一致。